Mikropların silioekosistem içinde oynadıkları en önemli rollerden birisi ayrışmadır (decomposiüon) . Karmaşık organik bitkisel ve hayvansal maddeler daha basit inorganik maddeler halinde ayrışmasaydı, çok geçmeden dünyamız ölü organik maddelerden geçilmezdi. Mikroplar tüm eko sistemlerde bu çürüme ve yeniden oluşma döngüsünün en önemli temelidir. Bu önemli rollerini yerine getirirken, gıda maddelerinin doğal ve gerekli birer " çürütücüsü " olurlar.
Çürümeye etki eden faktörler aşağıdaki gibi sıralanmıştır
ISI : Başlıca etkisi mikropların metabolizmasını düzenlemektir. Isıyı hızla düşürmek mikrobun gıdayı metabolize etme, çürütme ve bozma becerisini yavaşlatır. Donmuş ve soğutulmuş hazır yemeklerde görülen artışla birlikte, pisikotropik bakterilerin neden oldukları mikrobiyal bozulma sürekli artış göstermiştir. PSYCHROTROPH' lar 0-10ü C ' lik düşük ısılarda çoğalabilen mikroplardır. Bazı psikotroflar donma derecesinin altındaki gıdaları bile bozabilirler.
SU: Bütün canlı organizmalar gibi, mikroorganizmalar da metabolik işlevleri için suya gereksinim duyarlar. Su aktivitesi olarak ölçülen (aw) varlığının organik maddelerin bozulması üzerinde doğrudan bir etkisi vardır. Çoğu bakteri işlev görebilmek için 0.90-0.99 arası bir ölçüye gereksinim duyar. Bazı bakteriler 0.80-0.90 arasında yaşayabilir ama çoğalmazlar. Yalnızca " xerophilic " mayalarla fongiler 0.60 ila 0.80 (aw) de direnebilirler. Serbest suyun bağlanması gıda maddesinin (aw)' sinin düşmesine mikropların suya ulaşmalarına yol açar. (Aw)' nin düşürülmesi, serbest su moleküllerini bağlayıp böylece (aw)' yi düşüren shumectant' ların (örn. Şeker,Tuz, vb.) katılımlarıyla olabilir. Bir başka yol da et gibi gıda maddelerini bir tütsüleme odasında tütsülemek yada kurutmaktır. Bu da serbest suyu büyük ölçüde alıp gıda maddesinin ortalama ısılarda saklanmasına olanak tanır.
pH: Yüzyıllardır çürümeyi önlemek/ geciktirmek için turşu kurmak / asitleştirmek yöntemi kullanıla gelmiştir. PH serbest hidrojen iyonu konsantrasyonunun bir fonksiyonudur. Asitler ph 0'dan 6'ya; nötr su 7'ye; bazlar 8'den 14'e karşılık gelir. Asit değerinin pH 4'ün alûna düşürülmesi mikroplara bağlı bozulmaya büyük ölçüde azalûr. Ancak, çoğu gıda maddesi asidik bir solüsyon içinde saklanamaz. Öte yandan , pH yine de önemli bir bozulmayı önleyici yöntemdir.
ATMOSFER KONTROLÜ: Gıdanın içinde bulunduğu ortamdaki karbondioksit ve oksijen düzeylerini düzenleyerek, mikropların aerobik solunumları yavaşlatılır ve bozulmaya bir ölçüde engel olunur. Ancak mikropların dünyasında çoğu mikrop oksijenli yada sırf oksijensiz bir ortamda solunum yapabilirler. Bu nedenle, vakum ambalajlama aerobik mikroplan bastırabilir ama başkalarının çoğalmasına ortam hazırlar. Konserve ya da vakum ambalajlı gıdalar bazı sporların öldürücü neurotoksinler salgılamasına neden olabilir. Bu nedenle, vakum ambalajlama bozulmaya sebep veren mikropları ortadan kaldırırken, patojenlerin çoğalmasına izin verir.
RADYASYON: Morötesi veya gamma ışınlarının bozulmayı geciktirici amaçla kullanılması gittikçe yaygınlaşmaktadır. Morötesi ışıma su ve yüzey işlemlerinde kullanılır. Gamma ışınlan amerikan ordusu tarafından titizlikle test edilmiş ve bozulmaya yol açan çoğu mikrobu azaltarak veya ortadan kaldırarak raf ömürlerini uzattığı saptanmıştır. FDA pek çok gıda maddesi için kullanıma izin vermişken, tüketici gruplar gıda güvenliği ve kalite konularında kaygılarını belirtmişlerdir. Irradyasyon, gıda bozucu ve patojen mikroplan bir düzene almanın en verimli yoludur.
